Uvnitř tkání mnoha korálů, obřích škeblí a sasanek žijí jednobuněčné řasy známé jako zooxantely. Tyto dinoflageláty provádějí fotosyntézu a předávají velkou část výsledných organických sloučenin svému zvířecímu hostiteli, který jim na oplátku poskytuje ochranu a přístup k živinám v jinak na živiny chudých tropických vodách.

Toto partnerství je základem produktivity korálových útesů. Zooxantely také přispívají k živým barvám zdravých korálů. Když jsou korály stresovány teplem nebo jinými faktory, mohou své zooxantely vyloučit a vyblednout, čímž ztratí jak barvu, tak svůj hlavní zdroj energie. Různé genetické typy zooxantel propůjčují různý stupeň tolerance tepla, což je fakt, který je základem některých strategií pro obnovu útesů.

Tento vztah je pro korály tvořící útesy v mělké vodě obligátní symbiózou; bez zooxantel nemohou ukládat uhličitan vápenatý dostatečně rychle na to, aby mohly vybudovat útesy. Studium rozmanitosti a fyziologie těchto řas je klíčové pro pochopení toho, jak útesy mohou reagovat na oteplující se oceán.

Jeden korálový polyp může ve své tkáni hostit miliony buněk zooxanthel.