कई प्रवाल, विशाल क्लैम और एनीमोन के ऊतकों के भीतर ज़ूक्सैन्थेली नामक एककोशिकीय शैवाल रहते हैं। ये डाइनोफ्लैजेलेट प्रकाश संश्लेषण करते हैं और परिणामस्वरूप बनने वाले कार्बनिक यौगिकों का एक बड़ा हिस्सा अपने मेजबान जीव को देते हैं, जो बदले में पोषक तत्वों की कमी वाले उष्णकटिबंधीय जल में सुरक्षा और पोषक तत्वों तक पहुंच प्रदान करता है।

यह साझेदारी प्रवाल भित्तियों की उत्पादकता की नींव है। ज़ूक्सैन्थेली स्वस्थ प्रवाल के चमकीले रंगों में भी योगदान देते हैं। जब प्रवाल गर्मी या अन्य कारकों से तनावग्रस्त होते हैं, तो वे अपने ज़ूक्सैन्थेली को बाहर निकाल देते हैं और ब्लीच हो जाते हैं, जिससे उनका रंग और ऊर्जा का मुख्य स्रोत दोनों नष्ट हो जाते हैं। ज़ूक्सैन्थेली के विभिन्न आनुवंशिक प्रकार गर्मी सहन करने की अलग-अलग क्षमता प्रदान करते हैं, यही तथ्य प्रवाल भित्तियों के पुनर्स्थापन की कुछ रणनीतियों का आधार है।

उथले पानी में प्रवाल भित्तियों का निर्माण करने वाले मूंगों के लिए यह एक अनिवार्य सहजीवन है; ज़ूक्सैन्थेली के बिना वे प्रवाल भित्तियों के निर्माण के लिए पर्याप्त तेज़ी से कैल्शियम कार्बोनेट जमा नहीं कर सकते। इन शैवालों की विविधता और शरीरक्रिया का अध्ययन यह समझने के लिए अत्यंत महत्वपूर्ण है कि प्रवाल भित्तियाँ गर्म होते महासागर की प्रतिक्रिया में किस प्रकार योगदान दे सकती हैं।

एक अकेला कोरल पॉलीप अपने ऊतकों के भीतर लाखों ज़ूक्सैन्थेली कोशिकाओं को धारण कर सकता है।