No interior dos tecidos de muitos corais, as tridacnas gigantes e as anémonas vivem algas unicelulares conhecidas como zooxantelas. Estes dinoflagelados realizam a fotossíntese e transferem grande parte dos compostos orgânicos resultantes para os seus hospedeiros animais, que, em troca, proporcionam proteção e acesso a nutrientes nas águas tropicais que, de outra forma, seriam pobres em nutrientes.

A parceria é a base da produtividade dos recifes de coral. As zooxantelas também contribuem para as cores vibrantes dos corais saudáveis. Quando os corais são stressados ​​pelo calor ou por outros fatores, podem expelir as suas zooxantelas e sofrer branqueamento, perdendo tanto a cor como a sua principal fonte de energia. Diferentes tipos genéticos de zooxantelas conferem graus variados de tolerância ao calor, facto que fundamenta algumas estratégias de restauro de recifes.

Esta relação é uma simbiose obrigatória para os corais construtores de recifes em águas pouco profundas; sem as zooxantelas, não conseguem depositar carbonato de cálcio com a rapidez suficiente para construir recifes. Estudar a diversidade e a fisiologia destas algas é fundamental para compreender como os recifes podem responder ao aquecimento dos oceanos.

Um único pólipo de coral pode albergar milhões de células de zooxantelas no seu tecido.