Inde i vævet af mange koraller, kæmpemuslinger og anemoner lever encellede alger kendt som zooxanthellae. Disse dinoflagellater udfører fotosyntese og overfører en stor del af de resulterende organiske forbindelser til deres værtdyr, hvilket til gengæld giver beskyttelse og adgang til næringsstoffer i ellers næringsfattige tropiske farvande.

Partnerskabet er fundamentet for koralrevproduktivitet. Zooxantheller bidrager også til de levende farver hos sunde koraller. Når koraller stresses af varme eller andre faktorer, kan de udskille deres zooxantheller og blegemiddel, hvilket mister både farve og deres primære energikilde. Forskellige genetiske typer af zooxantheller giver varierende grader af varmetolerance, en kendsgerning, der ligger til grund for nogle strategier til restaurering af rev.

Forholdet er en obligatorisk symbiose for revbyggende koraller i lavt vand; uden zooxantheller kan de ikke aflejre calciumcarbonat hurtigt nok til at bygge rev. At studere disse algers diversitet og fysiologi er centralt for at forstå, hvordan rev kan reagere på et opvarmende hav.

En enkelt koralpolyp kan være vært for millioner af zooxanthellae-celler i sit væv.