În interiorul țesuturilor multor corali, scoici gigantice și anemone trăiesc alge unicelulare cunoscute sub numele de zooxantele. Aceste dinoflagelate efectuează fotosinteza și transmit o mare parte din compușii organici rezultați gazdei lor animale, care, în schimb, oferă protecție și acces la nutrienți în apele tropicale altfel sărace în nutrienți.

Acest parteneriat este fundamentul productivității recifelor de corali. Zooxantelele contribuie, de asemenea, la culorile vii ale coralilor sănătoși. Atunci când coralii sunt stresați de căldură sau de alți factori, își pot expulza zooxantelele și se pot decolora, pierzând atât culoarea, cât și principala lor sursă de energie. Diferite tipuri genetice de zooxantele conferă grade variate de toleranță la căldură, fapt care stă la baza unor strategii de restaurare a recifelor.

Relația este o simbioză obligatorie pentru coralii care construiesc recife în ape puțin adânci; fără zooxantele, aceștia nu pot depune carbonat de calciu suficient de repede pentru a construi recife. Studierea diversității și fiziologiei acestor alge este esențială pentru înțelegerea modului în care recifele pot reacționa la încălzirea oceanului.

Un singur polip de coral poate găzdui milioane de celule zooxantele în țesutul său.