गुणसूत्र माता-पिता से संतान में अपरिवर्तित रूप से स्थानांतरित नहीं होते हैं। पुनर्संयोजन द्वारा आनुवंशिक सामग्री का पुनर्व्यवस्थापन होता है, जो अक्सर अर्धसूत्री विभाजन के दौरान समजात गुणसूत्रों के बीच पारगमन के माध्यम से होता है। इस आदान-प्रदान से एक ही गुणसूत्र पर एलील्स के नए संयोजन बनते हैं।

काइआस्माटा में भौतिक विखंडन और पुनर्संयोजन होता है। दो लोकस जितने अधिक दूर स्थित होते हैं, उनके बीच क्रॉसओवर होने की संभावना उतनी ही अधिक होती है; यह संबंध आनुवंशिक मानचित्रों के निर्माण में सहायक होता है। पुनर्संयोजन एनाफेज तक समरूप क्रोमोसोमों को एक साथ रखकर क्रोमोसोमों के उचित पृथक्करण में भी मदद करता है।

पुनर्संयोजन में त्रुटियों के कारण विलोपन, दोहराव या स्थानांतरण हो सकते हैं। प्रतिरक्षा प्रणाली में, विशिष्ट पुनर्संयोजन विभिन्न एंटीबॉडी जीनों को संयोजित करता है। इसलिए यह प्रक्रिया विविधता का स्रोत होने के साथ-साथ जीनोमिक अस्थिरता का संभावित कारण भी है।

• आनुवंशिक सामग्री का पुनर्व्यवस्थापन
• यह मुख्यतः अर्धसूत्री विभाजन में पारगमन के माध्यम से होता है।
• नए एलील संयोजनों को उत्पन्न करता है
• आनुवंशिक मानचित्रण और विविधता के लिए आवश्यक