工業生物技術利用活細胞或酵素來生產工業產品和化學品，有時也被稱為白色生物技術。它生產用於洗滌劑的酵素、用於食品和塑膠的有機酸、用於動物飼料的氨基酸以及用於交通運輸的生物燃料。此外，它還能生產一些傳統化學方法難以或成本高昂的特殊化學品。

生物過程的優勢體現在環境方面。與化學過程相比，生物過程在更低的溫度和壓力下進行，從而節省能源。它們使用可再生原料，例如玉米澱粉、甘蔗或農業廢棄物。它們產生的有害廢物更少。它們可以用生物基替代品取代石油基產品。例如，洗衣液中的酵素可以使衣物在更低的溫度下洗滌，從而為數百萬家庭節省能源。

挑戰主要體現在經濟方面。生物過程可能比化學過程更慢、成本更高。產品必須在價格上與現有的石油化學產品競爭。規模化生產困難重重。污染風險始終存在。而且，原料必須價格合理且可持續。利用糧食作物進行工業生產，與第一代生物燃料一樣，也面臨同樣的擔憂。

工業生物技術正在蓬勃發展。諾維信、帝斯曼和巴斯夫等公司正在大規模生產酵素和化學品。該領域是向生物基經濟轉型這一更廣泛趨勢的一部分。