Az ipari biotechnológia élő sejteket vagy enzimeket használ ipari termékek és vegyi anyagok előállítására. Néha fehér biotechnológiának is nevezik. Enzimeket állít elő mosószerekhez, szerves savakat élelmiszerekhez és műanyagokhoz, aminosavakat állati takarmányokhoz és bioüzemanyagokat a közlekedéshez. Emellett olyan speciális vegyi anyagokat is gyárt, amelyeket nehéz vagy drága előállítani a hagyományos kémia segítségével.

Az előnyök környezetbarátak. A biológiai folyamatok alacsonyabb hőmérsékleten és nyomáson zajlanak, mint a kémiai folyamatok, ami energiát takarít meg. Megújuló alapanyagokat használnak, például kukoricakeményítőt, cukornádat vagy mezőgazdasági hulladékot. Kevesebb veszélyes hulladékot termelnek. A kőolaj alapú termékeket bioalapú alternatívákkal helyettesíthetik. A mosószerben található enzimek például lehetővé teszik a ruhák alacsonyabb hőmérsékleten történő mosását, ami több millió otthonban takarít meg energiát.

A kihívások gazdasági jellegűek. A biológiai folyamatok lassabbak és drágábbak lehetnek, mint a kémiaiak. A termékeknek árban versenyezniük kell a bevált petrolkémiai alternatívákkal. A méretnövelés nehézkes. A szennyeződés állandó kockázatot jelent. Az alapanyagnak pedig megfizethetőnek és fenntarthatónak kell lennie. Az élelmiszernövények ipari termelésben való felhasználása ugyanazokat az aggályokat veti fel, mint az első generációs bioüzemanyagok.

Az ipari biotechnológia növekszik. Olyan vállalatok, mint a Novozymes, a DSM és a BASF, nagy mennyiségben állítanak elő enzimeket és vegyszereket. A terület a bioalapú gazdaság felé való szélesebb körű elmozdulás része.