Endüstriyel biyoteknoloji, endüstriyel ürünler ve kimyasallar üretmek için canlı hücreleri veya enzimleri kullanır. Bazen beyaz biyoteknoloji olarak da adlandırılır. Deterjanlar için enzimler, gıda ve plastikler için organik asitler, hayvan yemleri için amino asitler ve ulaşım için biyoyakıtlar üretir. Ayrıca geleneksel kimya ile üretilmesi zor veya pahalı olan özel kimyasallar da üretir.

Avantajları çevreseldir. Biyolojik süreçler, kimyasal süreçlere göre daha düşük sıcaklık ve basınçlarda gerçekleşir, bu da enerji tasarrufu sağlar. Mısır nişastası, şeker kamışı veya tarımsal atık gibi yenilenebilir hammaddeler kullanırlar. Daha az tehlikeli atık üretirler. Petrol bazlı ürünlerin yerine biyolojik bazlı alternatifler kullanılabilir. Örneğin, çamaşır deterjanındaki enzimler, kıyafetlerin daha düşük sıcaklıklarda yıkanmasını sağlayarak milyonlarca evde enerji tasarrufu sağlar.

Zorluklar ekonomiktir. Biyolojik süreçler kimyasal süreçlere göre daha yavaş ve daha pahalı olabilir. Ürünler, yerleşik petrokimyasal alternatiflerle fiyat açısından rekabet etmelidir. Ölçeklendirme zordur. Kirlenme sürekli bir risktir. Ve hammadde uygun fiyatlı ve sürdürülebilir olmalıdır. Gıda ürünlerinin endüstriyel üretimde kullanılması, birinci nesil biyoyakıtlarla aynı endişeleri doğurmaktadır.

Endüstriyel biyoteknoloji gelişiyor. Novozymes, DSM ve BASF gibi şirketler büyük ölçekte enzim ve kimyasal madde üretiyor. Bu alan, biyolojik tabanlı bir ekonomiye doğru daha geniş bir geçişin parçasıdır.