Промышленная биотехнология использует живые клетки или ферменты для производства промышленных товаров и химикатов. Иногда её называют белой биотехнологией. Она производит ферменты для моющих средств, органические кислоты для пищевых продуктов и пластмасс, аминокислоты для кормов для животных и биотопливо для транспорта. Она также производит специализированные химические вещества, которые трудно или дорого производить традиционными методами химии.

Преимущества заключаются в защите окружающей среды. Биологические процессы протекают при более низких температурах и давлениях, чем химические, что позволяет экономить энергию. В них используются возобновляемые виды сырья, такие как кукурузный крахмал, сахарный тростник или сельскохозяйственные отходы. Они производят меньше опасных отходов. Они могут заменить продукты на основе нефти биопрепаратами. Например, ферменты в стиральных порошках позволяют стирать одежду при более низких температурах, экономя энергию в миллионах домов.

Основные проблемы носят экономический характер. Биологические процессы могут быть медленнее и дороже химических. Продукция должна конкурировать по цене с устоявшимися нефтехимическими альтернативами. Масштабирование затруднено. Загрязнение представляет собой постоянный риск. А сырье должно быть доступным и экологически устойчивым. Использование продовольственных культур для промышленного производства вызывает те же опасения, что и биотопливо первого поколения.

Промышленная биотехнология развивается. Такие компании, как Novozymes, DSM и BASF, производят ферменты и химические вещества в больших масштабах. Эта область является частью более широкого перехода к биоэкономике.