Zmienna zakłócająca to czynnik zewnętrzny, który zmienia się wraz ze zmienną niezależną i który sam może wywołać obserwowany efekt na zmienną zależną. W przypadku obecności czynnika zakłócającego eksperymentator nie może być pewien, co spowodowało dany wynik.

Załóżmy, że badanie porównuje nową metodę nauczania ze starą i wykazuje lepsze wyniki testów w grupie stosującej nową metodę. Jeśli grupa stosująca nową metodę składa się również z większej liczby uczniów o wysokich osiągnięciach, wcześniejsze zdolności stanowią czynnik zakłócający. Poprawa może wynikać z metody, uczniów lub obu tych czynników. Dobry projekt eksperymentu zapobiega czynnikom zakłócającym poprzez losowy przydział, utrzymywanie stałych warunków lub pomiar i statystyczną kontrolę potencjalnych czynników zakłócających.

Czynniki zakłócające są szczególnie niebezpieczne w badaniach korelacyjnych i quasi-eksperymentalnych, gdzie losowe przypisanie jest niemożliwe. Wiek, status społeczno-ekonomiczny i motywacja często działają jako czynniki zakłócające w badaniach rozwojowych i edukacyjnych. Ich identyfikacja wymaga zarówno czujności metodologicznej, jak i merytorycznej wiedzy w danej dziedzinie.

Wynik jest tak samo dokładny, jak projekt, który go wygenerował. Niekontrolowane czynniki zakłócające pozostawiają niejednoznaczną interpretację przyczynową.