Variabel pengganggu adalah faktor eksternal yang bervariasi bersamaan dengan variabel independen dan yang dapat menghasilkan efek yang diamati pada variabel dependen. Ketika variabel pengganggu hadir, peneliti tidak dapat memastikan apa yang menyebabkan hasil tersebut.

Misalkan sebuah penelitian membandingkan metode pengajaran baru dengan metode lama dan menemukan nilai ujian yang lebih baik pada kelompok yang menggunakan metode baru. Jika kelompok yang menggunakan metode baru tersebut juga kebetulan memiliki lebih banyak siswa berprestasi tinggi, maka kemampuan sebelumnya merupakan faktor pengganggu. Peningkatan tersebut mungkin disebabkan oleh metode, siswa, atau keduanya. Desain eksperimen yang baik mencegah faktor pengganggu melalui penugasan acak, menjaga kondisi tetap konstan, atau mengukur dan mengendalikan faktor pengganggu potensial secara statistik.

Faktor pengganggu sangat berbahaya dalam penelitian korelasional dan kuasi-eksperimental, di mana penugasan acak tidak mungkin dilakukan. Usia, status sosial ekonomi, dan motivasi seringkali berperan sebagai faktor pengganggu dalam studi perkembangan dan pendidikan. Mengidentifikasi faktor-faktor ini membutuhkan kewaspadaan metodologis dan pengetahuan substantif tentang bidang tersebut.

Suatu temuan hanya akan akurat jika desain penelitian yang menghasilkannya juga akurat. Faktor pengganggu yang tidak terkontrol akan membuat interpretasi kausal menjadi ambigu.