Egy hidrogén-klorid molekulában a klóratom közelebb húzza magához a közös elektronokat. A kötés poláris, a klór részben negatív, a hidrogén pedig részben pozitív töltésű. Az atom elektronvonzó képességét elektronegativitásnak nevezzük. Ez egy relatív tulajdonság, nem abszolút. A fluor a legelektronegatívabb elem, a Pauling-skálán 3,98-as értékkel. A cézium az egyik legkevésbé elektronegatív, 0,79-es értékkel.

Az elektronegativitás egy periódus alatt növekszik, egy csoporttal lefelé pedig csökken. Ez azért van, mert az atom sugara egy periódus alatt csökken, így az atommag szorosabban tartja az elektronokat. Egy csoporttal lefelé a sugár növekszik, és a külső elektronok távolabb vannak a magtól, így kevésbé szorosan tartják őket. A nemesgázok általában kimaradnak, mivel nem képeznek könnyen kötéseket.

Két atom elektronegativitásának különbsége határozza meg a kötés típusát. Az 1,7-nél nagyobb különbség általában ionos kötést jelent. A 0,4 és 1,7 közötti különbség poláris kovalens kötést jelent. A 0,4-nél kisebb különbség apoláris kovalens kötést jelent. Ezek a küszöbértékek hozzávetőlegesek, de hasznosak a kötés jellegének előrejelzésére.

Az elektronegativitás befolyásolja a molekulák tulajdonságait. A poláris molekulák oldódnak poláris oldószerekben. Az apoláris molekulák oldódnak apoláris oldószerekben. Hidrogénkötések alakulnak ki a hidrogén és az erősen elektronegatív atomok, például az oxigén, a nitrogén és a fluor között. Ezek a kölcsönhatások alakítják a fehérjéket, a DNS-t és a vizet, lehetővé téve az életet.