某些藻類大量繁殖時，會使水體變色，呈現紅色、棕色或橘色。這種現象通常被稱為赤潮，但這個術語並不準確，並非所有有害藻類都會使水體變紅。這種變色現像源自於藻類（通常是甲藻）的輔助色素。

某些紅潮物種會產生強效毒素，這些毒素會在貝類體內累積或直接殺死魚類。另一些赤潮物種則會在腐爛過程中消耗氧氣。在紅潮嚴重時，沿海社區可能會關閉海灘和貝類養殖場。營養物質富集、溫暖穩定的水體以及沉積物中休眠孢子囊的存在都可能促進紅潮的發生與發展。

監測計畫利用顯微鏡、毒素檢測和衛星影像來追蹤紅潮並發佈公眾預警。由於生物學和物理學之間的複雜相互作用，預測赤潮發生的確切時間和地點仍然十分困難。減少長期營養污染可以降低最嚴重紅潮事件發生的機率。

• 藻類大量繁殖導致水體變色
• 通常由甲藻引起
• 有些物種會產生有害毒素。
• 監測以保護公眾健康