一股细胞流经激光束。每个细胞都会散射光线并发出荧光。仪器记录这些信号，并根据细胞的特性对其进行分选。这就是流式细胞术。它每秒可分析和分选数千个单个细胞，是免疫学和细胞生物学领域最强大的工具之一。

这项技术的工作原理是用荧光抗体标记细胞。每种抗体都能与细胞表面或细胞内部的特定标记物结合。当细胞穿过激光束时，荧光团被激发，发出特征波长的光。仪器测量光的强度，从而判断标记物的含量。它还能测量前向散射光（指示细胞大小）和侧向散射光（指示细胞内部的复杂性）。

流式细胞术通过识别异常细胞群来诊断白血病和淋巴瘤。它通过计数CD4 T细胞来监测HIV感染。它还用于分析干细胞、对细胞群进行分选以用于研究以及检测血液中的稀有细胞。细胞分选（也称为FACS）可以将细胞物理分离到不同的试管中进行进一步研究。

这项技术复杂且昂贵，需要训练有素的操作人员和严格的质量控制。但它能提供其他任何技术都无法提供的信息：逐个捕捉群体中每个细胞的快照。