Un flux de celule trece pe lângă un laser. Fiecare celulă împrăștie lumină și emite fluorescență. Instrumentul înregistrează semnalele și sortează celulele în funcție de proprietățile lor. Aceasta este citometria în flux. Analizează și sortează celulele individuale la mii pe secundă. Este unul dintre cele mai puternice instrumente din imunologie și biologie celulară.

Tehnica funcționează prin marcarea celulelor cu anticorpi fluorescenți. Fiecare anticorp se leagă de un marker specific pe suprafața celulei sau în interiorul celulei. Când celula trece prin laser, fluoroforul este excitat și emite lumină la o lungime de undă caracteristică. Instrumentul măsoară intensitatea luminii, care indică cantitatea de marker prezentă. De asemenea, măsoară împrăștierea frontală, care indică dimensiunea celulei, și împrăștierea laterală, care indică complexitatea internă.

Citometria în flux este utilizată pentru diagnosticarea leucemiei și limfomului prin identificarea populațiilor celulare anormale. Este utilizată pentru monitorizarea HIV prin numărarea celulelor T CD4. Este utilizată pentru analizarea celulelor stem, sortarea populațiilor celulare pentru cercetare și detectarea celulelor rare din sânge. Sortarea celulară, numită FACS, poate separa fizic celulele în tuburi diferite pentru studii ulterioare.

Tehnologia este complexă și costisitoare. Necesită operatori instruiți și un control atent al calității. Dar oferă informații pe care nicio altă tehnică nu le poate oferi: o imagine a fiecărei celule dintr-o populație, una câte una.