Μια ροή κυττάρων ρέει δίπλα από ένα λέιζερ. Κάθε κύτταρο σκεδάζει φως και εκπέμπει φθορισμό. Το όργανο καταγράφει τα σήματα και ταξινομεί τα κύτταρα με βάση τις ιδιότητές τους. Αυτή είναι η κυτταρομετρία ροής. Αναλύει και ταξινομεί μεμονωμένα κύτταρα με ρυθμό χιλιάδων ανά δευτερόλεπτο. Είναι ένα από τα πιο ισχυρά εργαλεία στην ανοσολογία και την κυτταρική βιολογία.

Η τεχνική λειτουργεί επισημαίνοντας τα κύτταρα με φθορίζοντα αντισώματα. Κάθε αντίσωμα συνδέεται με έναν συγκεκριμένο δείκτη στην κυτταρική επιφάνεια ή στο εσωτερικό του κυττάρου. Όταν το κύτταρο διέρχεται από το λέιζερ, το φθοροφόρο διεγείρεται και εκπέμπει φως σε ένα χαρακτηριστικό μήκος κύματος. Το όργανο μετρά την ένταση του φωτός, η οποία υποδεικνύει πόσος δείκτης υπάρχει. Μετρά επίσης την εμπρόσθια σκέδαση, η οποία υποδεικνύει το μέγεθος του κυττάρου, και την πλευρική σκέδαση, η οποία υποδεικνύει την εσωτερική πολυπλοκότητα.

Η κυτταρομετρία ροής χρησιμοποιείται για τη διάγνωση της λευχαιμίας και του λεμφώματος, εντοπίζοντας μη φυσιολογικούς κυτταρικούς πληθυσμούς. Χρησιμοποιείται για την παρακολούθηση του HIV με την καταμέτρηση των CD4 Τ κυττάρων. Χρησιμοποιείται για την ανάλυση βλαστικών κυττάρων, την ταξινόμηση κυτταρικών πληθυσμών για έρευνα και την ανίχνευση σπάνιων κυττάρων στο αίμα. Η ταξινόμηση κυττάρων, που ονομάζεται FACS, μπορεί να διαχωρίσει φυσικά τα κύτταρα σε διαφορετικούς σωλήνες για περαιτέρω μελέτη.

Η τεχνολογία είναι πολύπλοκη και ακριβή. Απαιτεί εκπαιδευμένους χειριστές και προσεκτικό ποιοτικό έλεγχο. Ωστόσο, παρέχει πληροφορίες που καμία άλλη τεχνική δεν μπορεί να παράσχει: μια στιγμιότυπο κάθε κυττάρου σε έναν πληθυσμό, ένα προς ένα.