Een stroom cellen beweegt langs een laser. Elke cel verstrooit licht en zendt fluorescentie uit. Het instrument registreert de signalen en sorteert de cellen op basis van hun eigenschappen. Dat is flowcytometrie. Het analyseert en sorteert individuele cellen met een snelheid van duizenden per seconde. Het is een van de krachtigste instrumenten in de immunologie en celbiologie.

De techniek werkt door cellen te labelen met fluorescerende antilichamen. Elk antilichaam bindt zich aan een specifieke marker op het celoppervlak of in de cel. Wanneer de cel door de laser beweegt, wordt de fluorofoor geëxciteerd en zendt deze licht uit met een karakteristieke golflengte. Het instrument meet de intensiteit van het licht, wat aangeeft hoeveel marker aanwezig is. Het meet ook voorwaartse verstrooiing, die de celgrootte aangeeft, en zijwaartse verstrooiing, die de interne complexiteit aangeeft.

Flowcytometrie wordt gebruikt voor de diagnose van leukemie en lymfomen door abnormale celpopulaties te identificeren. Het wordt gebruikt om hiv te monitoren door CD4 T-cellen te tellen. Het wordt gebruikt voor de analyse van stamcellen, het sorteren van celpopulaties voor onderzoek en het opsporen van zeldzame cellen in het bloed. Celsortering, ook wel FACS genoemd, kan cellen fysiek scheiden en in verschillende buizen plaatsen voor verder onderzoek.

De technologie is complex en duur. Het vereist getrainde operators en nauwgezette kwaliteitscontrole. Maar het levert informatie op die geen enkele andere techniek kan bieden: een momentopname van elke cel in een populatie, één voor één.