Egy sejtáram folyik el egy lézer előtt. Minden sejt fényt szór és fluoreszcenciát bocsát ki. A műszer rögzíti a jeleket, és tulajdonságaik alapján osztályozza a sejteket. Ez az áramlási citometria. Másodpercenként ezrével elemzi és osztályozza az egyes sejteket. Az immunológia és a sejtbiológia egyik leghatékonyabb eszköze.

A technika úgy működik, hogy a sejteket fluoreszcens antitestekkel jelölik meg. Minden antitest egy specifikus markerhez kötődik a sejt felszínén vagy a sejt belsejében. Amikor a sejt áthalad a lézeren, a fluorofor gerjesztődik, és egy jellemző hullámhosszon fényt bocsát ki. A műszer méri a fény intenzitását, amely megmutatja, mennyi marker van jelen. Méri továbbá az előreszórást, amely a sejt méretét, és az oldalszórást, amely a belső komplexitást jelzi.

Az áramlási citometriát leukémia és limfóma diagnosztizálására használják a kóros sejtpopulációk azonosításával. A HIV monitorozására szolgál a CD4 T-sejtek számlálásával. Őssejtek elemzésére, sejtpopulációk válogatására kutatási célokra és ritka sejtek kimutatására használják a vérben. A sejtszortírozás, más néven FACS, fizikailag képes szétválasztani a sejteket különböző csövekbe további vizsgálatok céljából.

A technológia összetett és drága. Képzett kezelőket és gondos minőségellenőrzést igényel. De olyan információkat nyújt, amelyeket más technika nem tud: egy pillanatképet készít egy populáció minden sejtjéről, egyesével.