Okyanusun en derin kısımları, bir tektonik plakanın bükülüp diğerinin altına kaydığı uzun, dar çukurlardır. Bu okyanus hendekleri 10.000 metreyi aşan derinliğe ulaşabilir. Batı Pasifik'teki Mariana Çukuru, Challenger Deep ile bu rekoru elinde tutmaktadır.

Çukurlar, yakınlaşan levha sınırlarında oluşur ve genellikle volkanik ada yaylarıyla paraleldir. İçindeki su soğuk, karanlık ve aşırı basınç altındadır, ancak özelleşmiş hayvanlar—amfipodlar, deniz hıyarları ve mikrobiyal topluluklar—en derin noktalarda bile yaşar. Çukurlara yönlendirilen tortu ve organik madde, benzersiz biyokimyasal ortamlar yaratır.

Hendekleri keşfetmek, bin atmosferden daha yüksek basınçlara dayanabilen özel olarak tasarlanmış iniş araçları, denizaltılar veya otonom araçlar gerektirir. Bilimsel ilgi alanları arasında yaşamın sınırları, okyanusun en derin noktalarındaki karbonun akıbeti ve dalma bölgeleriyle ilişkili sismik tehlikeler yer almaktadır. En derin noktalara yalnızca birkaç insan ulaşmıştır ve hendek sisteminin büyük bir kısmı henüz örneklenmemiştir.

Derin bir hendeğin dibindeki basınç, bir posta pulunun üzerine dengelenmiş büyük bir filin basıncına eşdeğerdir.