Om man tar bort affixen återstår en kärna. En rot är ordets grundläggande morfem som bär den huvudsakliga lexikala betydelsen och inte kan analyseras i mindre betydelsefulla delar.

Rötter kombineras med affix för att bygga stammar och fullständiga ord. I vissa språk har rötter kanoniska former, såsom triletterala konsonantskelett i semitisk morfologi. Att identifiera rötter är avgörande för ordboksorganisation och för morfologisk parsning.

Historisk lingvistik rekonstruerar släktrötter för att jämföra besläktade språk. Folkanalys felidentifierar ibland rötter, vilket ger vilseledande pedagogiska förklaringar. Noggrann rotsegmentering stöder både vetenskaplig beskrivning och praktisk ordförrådsundervisning.

• Kärnmorfem som bär grundläggande lexikal betydelse
• Kan inte delas upp i mindre meningsfulla enheter
• Kombinerar sig med affix för att bilda komplexa ord
• Centralt för morfologisk och historisk analys