Po usunięciu afiksów pozostaje rdzeń. Rdzeń to podstawowy morfem słowa, który niesie główne znaczenie leksykalne i nie da się go rozłożyć na mniejsze, znaczące części.

Rdzenie łączą się z afiksami, tworząc tematy i pełne wyrazy. W niektórych językach rdzenie mają kanoniczne kształty, takie jak trójliterowe szkielety spółgłoskowe w morfologii semickiej. Identyfikacja rdzeni jest niezbędna do organizacji słownika i analizy morfologicznej.

Językoznawstwo historyczne rekonstruuje korzenie przodków, aby porównywać języki pokrewne. Analiza ludowa czasami błędnie identyfikuje korzenie, co prowadzi do mylących wyjaśnień pedagogicznych. Dokładna segmentacja rdzeni wspiera zarówno opis naukowy, jak i praktyczne nauczanie słownictwa.

• Morfem podstawowy niosący podstawowe znaczenie leksykalne
• Nie można podzielić na mniejsze, znaczące jednostki
• Łączy się z afiksami, tworząc złożone słowa
• Centralne miejsce w analizie morfologicznej i historycznej