Pod kortexem se nachází sada propojených jader, která pomáhají vybírat a iniciovat pohyby a zároveň potlačují konkurenční pohyby. Bazální ganglia také přispívají k procedurálnímu učení a k vyhodnocování odměn.

Mezi hlavní komponenty patří striatum, globus pallidus, subthalamické jádro a substantia nigra. Kortikální vstupy přicházejí hlavně do striata; výstupy nakonec ovlivňují motorická centra thalamu a mozkového kmene. Přímé a nepřímé dráhy v rámci okruhu poskytují mechanismus push-pull pro usnadnění nebo inhibici pohybu.

Degenerace dopaminových neuronů v substantia nigra vyvolává motorické příznaky Parkinsonovy choroby. Další poruchy, jako je Huntingtonova choroba a některé formy dystonie, se také týkají okruhů bazálních ganglií. Hluboká mozková stimulace těchto struktur může u vybraných pacientů zmírnit příznaky, což podtrhuje jejich klinický význam.

• Skupina jader regulujících výběr pohybu
• Podílí se na odměňování a učení se návykům
• Narušeno u Parkinsonovy a Huntingtonovy choroby
• Cíl hluboké mozkové stimulace