孟德爾注意到不同的性狀不會一起遺傳。獨立分配定律指出，不同基因的等位基因在配子形成過程中彼此獨立分離。一個配子從一個基因獲得的等位基因不會影響它從另一個基因獲得的等位基因。
其物理基礎是減數分裂I中期不同染色體對的隨機排列。因此，位於不同染色體上的基因獨立分配。而位於同一條染色體上彼此靠近的基因則具有遺傳連鎖性，並偏離獨立分配定律。
此定律預測雙雜交中會出現經典的9:3:3:1比例。連鎖作圖和重組頻率量化了基因獨立分離的頻率。現代遺傳學在分析多個性狀或基因位點的遺傳時仍然依賴於此原理。
- 不同基因的等位基因獨立進行基因分選。
- 發生在減數分裂過程中
- 對於不同染色體上的基因而言，情況確實如此。
- 雙雜交後代比例為9:3:3:1
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