لاحظ مندل أن الصفات المختلفة لا تنتقل معًا. ينص قانون التوزيع المستقل على أن أليلات الجينات المختلفة تنفصل بشكل مستقل عن بعضها البعض أثناء تكوين الأمشاج. فالأليل الذي يستقبله المشيج لجين معين لا يؤثر على الأليل الذي يستقبله لجين آخر.

الأساس الفيزيائي هو التوزيع العشوائي لأزواج الكروموسومات المختلفة في الطور الاستوائي الأول من الانقسام الاختزالي. ولذلك، تتوزع الجينات الموجودة على كروموسومات مختلفة بشكل مستقل. أما الجينات المتقاربة على نفس الكروموسوم فهي مرتبطة وراثيًا، وبالتالي لا تتوزع بشكل مستقل.

يتنبأ القانون بنسبة 9:3:3:1 الكلاسيكية في التهجين الثنائي. وتُحدد خرائط الارتباط وترددات إعادة التركيب مدى تكرار توزيع الجينات بشكل مستقل. ولا يزال علم الوراثة الحديث يعتمد على هذا المبدأ عند تحليل وراثة سمات أو مواقع جينية متعددة.

• تتوزع أليلات الجينات المختلفة بشكل مستقل
• يحدث أثناء الانقسام الاختزالي
• ينطبق هذا على الجينات الموجودة على كروموسومات مختلفة
• ينتج نسب 9:3:3:1 في التهجينات الثنائية