Mendel zauważył, że różne cechy nie przemieszczają się razem. Prawo niezależnej segregacji genów głosi, że allele różnych genów segregują się niezależnie od siebie podczas formowania się gamet. Allel, który gameta otrzymuje dla jednego genu, nie wpływa na allel, który otrzymuje dla innego genu.

Podstawą fizyczną jest losowa orientacja różnych par chromosomów w metafazie I mejozy. Geny zlokalizowane na różnych chromosomach segregują się zatem niezależnie. Geny znajdujące się blisko siebie na tym samym chromosomie są genetycznie sprzężone i nie podlegają segregacji niezależnej.

Prawo to przewiduje klasyczny stosunek 9:3:3:1 w krzyżówkach dihybrydowych. Mapowanie sprzężeń i częstości rekombinacji określają, jak często geny segregują niezależnie. Współczesna genetyka nadal opiera się na tej zasadzie, analizując dziedziczenie wielu cech lub loci.

• Allele różnych genów sortują się niezależnie
• Występuje podczas mejozy
• To samo dotyczy genów znajdujących się na różnych chromosomach
• Daje stosunek 9:3:3:1 w krzyżówkach dihybrydowych