Ο Μέντελ παρατήρησε ότι διαφορετικά χαρακτηριστικά δεν ταξιδεύουν μαζί. Ο νόμος της ανεξάρτητης ταξινόμησης ορίζει ότι τα αλληλόμορφα διαφορετικών γονιδίων διαχωρίζονται ανεξάρτητα το ένα από το άλλο κατά τον σχηματισμό των γαμετών. Το αλληλόμορφο που λαμβάνει ένας γαμέτης για ένα γονίδιο δεν επηρεάζει το αλληλόμορφο που λαμβάνει για ένα άλλο γονίδιο.

Η φυσική βάση είναι ο τυχαίος προσανατολισμός διαφορετικών ζευγών χρωμοσωμάτων στη μετάφαση Ι της μείωσης. Επομένως, τα γονίδια που βρίσκονται σε διαφορετικά χρωμοσώματα ταξινομούνται ανεξάρτητα. Τα γονίδια που βρίσκονται κοντά στο ίδιο χρωμόσωμα είναι γενετικά συνδεδεμένα και αποκλίνουν από την ανεξάρτητη ταξινόμηση.

Ο νόμος προβλέπει την κλασική αναλογία 9:3:3:1 στις διαυβριδικές διασταυρώσεις. Η χαρτογράφηση σύνδεσης και οι συχνότητες ανασυνδυασμού ποσοτικοποιούν πόσο συχνά τα γονίδια αναδιατάσσονται ανεξάρτητα. Η σύγχρονη γενετική εξακολουθεί να βασίζεται σε αυτήν την αρχή όταν αναλύει την κληρονομικότητα πολλαπλών χαρακτηριστικών ή τόπων.

• Τα αλληλόμορφα διαφορετικών γονιδίων διαφοροποιούνται ανεξάρτητα
• Εμφανίζεται κατά τη διάρκεια της μείωσης
• Ισχύει για γονίδια σε διαφορετικά χρωμοσώματα
• Παράγει αναλογίες 9:3:3:1 σε διυβριδικές διασταυρώσεις