मेंडल ने देखा कि विभिन्न लक्षण एक साथ स्थानांतरित नहीं होते। स्वतंत्र वर्गीकरण का नियम कहता है कि युग्मक निर्माण के दौरान विभिन्न जीनों के एलील एक दूसरे से स्वतंत्र रूप से पृथक होते हैं। किसी युग्मक को एक जीन के लिए प्राप्त एलील दूसरे जीन के लिए प्राप्त एलील को प्रभावित नहीं करता है।

इसका भौतिक आधार अर्धसूत्री विभाजन के प्रथम चरण में विभिन्न गुणसूत्र युग्मों का यादृच्छिक अभिविन्यास है। इसलिए, विभिन्न गुणसूत्रों पर स्थित जीन स्वतंत्र रूप से एकत्रित होते हैं। एक ही गुणसूत्र पर निकट स्थित जीन आनुवंशिक रूप से जुड़े होते हैं और स्वतंत्र एकत्रित होने से विचलित होते हैं।

यह नियम द्विसंकर संकरणों में 9:3:3:1 के क्लासिक अनुपात की भविष्यवाणी करता है। लिंकेज मैपिंग और पुनर्संयोजन आवृत्तियाँ यह निर्धारित करती हैं कि जीन कितनी बार स्वतंत्र रूप से एकत्रित होते हैं। आधुनिक आनुवंशिकी अभी भी कई लक्षणों या लोकस की वंशागति का विश्लेषण करते समय इसी सिद्धांत पर निर्भर करती है।

• विभिन्न जीनों के एलील स्वतंत्र रूप से एकत्रित होते हैं।
• अर्धसूत्री विभाजन के दौरान होता है
• अलग-अलग गुणसूत्रों पर स्थित जीनों के लिए यह सत्य है।
• द्विसंकर संकरण में 9:3:3:1 का अनुपात उत्पन्न करता है।