Mendel si všiml, že různé znaky se nepřenášejí společně. Zákon nezávislé segregace říká, že alely různých genů se během tvorby gamet segregují nezávisle na sobě. Alela, kterou gameta obdrží pro jeden gen, neovlivňuje alelu, kterou obdrží pro jiný gen.

Fyzikálním základem je náhodná orientace různých párů chromozomů v metafázi I meiózy. Geny umístěné na různých chromozomech se proto uspořádávají nezávisle. Geny, které jsou blízko sebe na stejném chromozomu, jsou geneticky propojeny a odchylují se od nezávislé orientace.

Zákon předpovídá klasický poměr 9:3:3:1 u dihybridních křížení. Mapování vazeb a frekvence rekombinací kvantifikují, jak často se geny assortují nezávisle. Moderní genetika se na tento princip stále spoléhá při analýze dědičnosti více znaků nebo lokusů.

• Alely různých genů se řadí nezávisle na sobě
• Vyskytuje se během meiózy
• Platí pro geny na různých chromozomech
• V dihybridních kříženích vytváří poměry 9:3:3:1