Mendel észrevette, hogy a különböző tulajdonságok nem terjednek együtt. A független válogatódás törvénye kimondja, hogy a különböző gének alléljai egymástól függetlenül szegregálódnak az ivarsejtképződés során. Az az allél, amelyet egy ivarsejt az egyik génhez kap, nem befolyásolja a másik génhez kap allélt.

A fizikai alap a meiózis I. metafázisában a különböző kromoszómapárok véletlenszerű orientációja. A különböző kromoszómákon található gének ezért függetlenül rendeződnek. Az ugyanazon a kromoszómán egymáshoz közel elhelyezkedő gének genetikailag kapcsolódnak egymáshoz, és eltérnek a független rendeződéstől.

A törvény a klasszikus 9:3:3:1 arányt jósolja meg a dihibrid keresztezésekben. A kapcsoltsági térképezés és a rekombinációs gyakoriság számszerűsíti, hogy a gének milyen gyakran rendeződnek egymástól függetlenül. A modern genetika továbbra is erre az elvre támaszkodik, amikor több tulajdonság vagy lókusz öröklődését elemzi.

• A különböző gének alléljai egymástól függetlenül rendeződnek
• Meiózis során fordul elő
• Igaz a különböző kromoszómákon lévő génekre
• 9:3:3:1 arányt hoz létre dihibrid keresztezésekben