Các đoạn ADN được đặt trong gel. Dòng điện được truyền vào. Các đoạn ADN di chuyển qua gel, các đoạn nhỏ hơn di chuyển nhanh hơn các đoạn lớn hơn. Sau vài giờ, các đoạn được tách ra theo kích thước. Đó chính là điện di gel, một kỹ thuật đã trở thành nền tảng của sinh học phân tử từ những năm 1970.

Gel thường được sử dụng là agarose cho DNA hoặc polyacrylamide cho protein. Gel hoạt động như một sàng phân tử. Điện trường đẩy DNA mang điện tích âm về phía điện cực dương. Kích thước lỗ xốp của gel quyết định phạm vi tách. Sau khi điện di, các đoạn DNA được hiển thị bằng thuốc nhuộm hoặc thuốc nhuộm huỳnh quang. Kết quả là một chuỗi các vạch, mỗi vạch tương ứng với một đoạn DNA có kích thước cụ thể.

Điện di gel được sử dụng cho nhiều mục đích. Nó kiểm tra kích thước các đoạn DNA sau khi thực hiện PCR hoặc cắt bằng enzyme hạn chế. Nó tách các protein cho phương pháp Western blotting. Nó phân tích dấu vân tay DNA để nhận dạng pháp y. Nó chẩn đoán các rối loạn di truyền bằng cách phát hiện các mẫu đoạn bất thường. Phương pháp này đơn giản, rẻ tiền và cung cấp nhiều thông tin.

Kỹ thuật này có những hạn chế. Nó chậm. Nó chỉ mang tính định tính hoặc bán định lượng. Nó không thể phân giải các mảnh vỡ rất lớn. Nhưng nó vẫn là công cụ chủ lực trong phòng thí nghiệm, và thường là bước đầu tiên trong một phân tích dài hơn.