Fragmentele de ADN sunt plasate într-un gel. Se aplică un curent electric. Fragmentele migrează prin gel, fragmentele mai mici mișcându-se mai repede decât cele mai mari. După câteva ore, fragmentele sunt separate în funcție de dimensiune. Aceasta este electroforeza în gel, o tehnică de bază a biologiei moleculare încă din anii 1970.

Gelul este de obicei din agaroză pentru ADN sau poliacrilamidă pentru proteine. Gelul acționează ca o sită moleculară. Câmpul electric împinge ADN-ul încărcat negativ spre electrodul pozitiv. Dimensiunea porilor gelului determină intervalul de separare. După electroforeză, fragmentele sunt vizualizate cu un colorant sau un colorant fluorescent. Rezultatul este un model de benzi, fiecare corespunzând unui fragment de o anumită dimensiune.

Electroforeza în gel este utilizată în mai multe scopuri. Verifică dimensiunea fragmentelor de ADN după PCR sau digestie prin restricție. Separă proteinele pentru Western blotting. Analizează amprentele ADN pentru identificare criminalistică. Diagnosticează tulburările genetice prin detectarea modelelor anormale de fragmente. Este simplă, ieftină și informativă.

Tehnica are limitări. Este lentă. Este calitativă sau semicantitativă. Nu poate rezolva fragmente foarte mari. Dar rămâne o piesă de rezistență a laboratorului și este adesea primul pas într-o analiză mai lungă.