Τα θραύσματα DNA τοποθετούνται σε ένα τζελ. Εφαρμόζεται ηλεκτρικό ρεύμα. Τα θραύσματα μετακινούνται μέσα στο τζελ, με τα μικρότερα θραύσματα να κινούνται ταχύτερα από τα μεγαλύτερα. Μετά από λίγες ώρες, τα θραύσματα διαχωρίζονται ανάλογα με το μέγεθος. Αυτή είναι η ηλεκτροφόρηση σε τζελ, μια τεχνική που αποτελεί βασικό στοιχείο της μοριακής βιολογίας από τη δεκαετία του 1970.

Το πήκτωμα είναι συνήθως αγαρόζη για το DNA ή πολυακρυλαμίδιο για τις πρωτεΐνες. Το πήκτωμα λειτουργεί ως μοριακό κόσκινο. Το ηλεκτρικό πεδίο οδηγεί το αρνητικά φορτισμένο DNA προς το θετικό ηλεκτρόδιο. Το μέγεθος των πόρων του πήκτωμα καθορίζει το εύρος διαχωρισμού. Μετά την ηλεκτροφόρηση, τα θραύσματα απεικονίζονται με χρωστική ή φθορίζουσα χρωστική. Το αποτέλεσμα είναι ένα μοτίβο ζωνών, καθεμία από τις οποίες αντιστοιχεί σε ένα θραύσμα συγκεκριμένου μεγέθους.

Η ηλεκτροφόρηση σε γέλη χρησιμοποιείται για πολλούς σκοπούς. Ελέγχει το μέγεθος των θραυσμάτων DNA μετά από PCR ή πέψη περιορισμού. Διαχωρίζει τις πρωτεΐνες για Western blotting. Αναλύει τα δακτυλικά αποτυπώματα DNA για εγκληματολογική ταυτοποίηση. Διαγιγνώσκει γενετικές διαταραχές ανιχνεύοντας ανώμαλα πρότυπα θραυσμάτων. Είναι απλή, φθηνή και κατατοπιστική.

Η τεχνική έχει περιορισμούς. Είναι αργή. Είναι ποιοτική ή ημι-ποσοτική. Δεν μπορεί να αναλύσει πολύ μεγάλα θραύσματα. Ωστόσο, παραμένει ένα εργαλείο εργασίας του εργαστηρίου και συχνά είναι το πρώτο βήμα σε μια μεγαλύτερη ανάλυση.