Os fragmentos de DNA são colocados num gel. Uma corrente elétrica é aplicada. Os fragmentos migram através do gel, sendo que os mais pequenos se movem mais rapidamente do que os maiores. Após algumas horas, os fragmentos são separados por tamanho. Trata-se da eletroforese em gel, uma técnica fundamental da biologia molecular desde a década de 1970.

O gel é geralmente de agarose para o ADN ou de poliacrilamida para as proteínas. O gel atua como uma peneira molecular. O campo elétrico direciona o ADN, carregado negativamente, para o elétrodo positivo. O tamanho dos poros do gel determina a gama de separação. Após a eletroforese, os fragmentos são visualizados com um corante ou um corante fluorescente. O resultado é um padrão de bandas, cada uma correspondendo a um fragmento de um tamanho específico.

A eletroforese em gel é utilizada para diversos fins. Verifica o tamanho dos fragmentos de ADN após PCR ou digestão com enzimas de restrição. Separa proteínas para Western blotting. Analisa impressões digitais de ADN para identificação forense. Diagnostica distúrbios genéticos através da deteção de padrões anormais de fragmentos. É um método simples, barato e informativo.

A técnica tem limitações. É lenta. É qualitativa ou semiquantitativa. Não consegue resolver fragmentos muito grandes. Mas continua a ser uma ferramenta essencial no laboratório e, muitas vezes, é o primeiro passo de uma análise mais longa.