Los fragmentos de ADN se colocan en un gel. Se aplica una corriente eléctrica. Los fragmentos migran a través del gel, desplazándose los más pequeños más rápido que los más grandes. Tras unas horas, los fragmentos se separan por tamaño. Esto es la electroforesis en gel, una técnica fundamental en biología molecular desde la década de 1970.

El gel suele ser de agarosa para el ADN o de poliacrilamida para las proteínas. El gel actúa como un tamiz molecular. El campo eléctrico impulsa el ADN, cargado negativamente, hacia el electrodo positivo. El tamaño de los poros del gel determina el grado de separación. Tras la electroforesis, los fragmentos se visualizan con una tinción o un colorante fluorescente. El resultado es un patrón de bandas, cada una correspondiente a un fragmento de un tamaño específico.

La electroforesis en gel se utiliza para diversos fines. Permite comprobar el tamaño de los fragmentos de ADN tras la PCR o la digestión con enzimas de restricción. Separa proteínas para la transferencia Western. Analiza huellas genéticas para la identificación forense. Diagnostica trastornos genéticos mediante la detección de patrones de fragmentos anómalos. Es sencilla, económica e informativa.

Esta técnica tiene limitaciones. Es lenta. Es cualitativa o semicuantitativa. No puede analizar fragmentos muy grandes. Sin embargo, sigue siendo una herramienta fundamental en el laboratorio y, a menudo, constituye el primer paso en un análisis más extenso.