DNA parçaları bir jelin içine yerleştirilir. Elektrik akımı uygulanır. Parçalar jel boyunca hareket eder; daha küçük parçalar daha büyük parçalardan daha hızlı hareket eder. Birkaç saat sonra, parçalar boyutlarına göre ayrılır. Bu, 1970'lerden beri moleküler biyolojinin temel tekniklerinden biri olan jel elektroforezidir.

Genellikle DNA için agaroz, proteinler için ise poliakrilamid jel kullanılır. Jel, moleküler elek görevi görür. Elektrik alanı, negatif yüklü DNA'yı pozitif elektroda doğru iter. Jelin gözenek boyutu, ayırma aralığını belirler. Elektroforezden sonra, parçalar bir boya veya floresan boya ile görselleştirilir. Sonuç olarak, her biri belirli bir boyuttaki bir parçaya karşılık gelen bantlardan oluşan bir desen elde edilir.

Jel elektroforezi birçok amaçla kullanılır. PCR veya kısıtlama enzimi sindiriminden sonra DNA parçalarının boyutunu kontrol eder. Western blotlama için proteinleri ayırır. Adli kimlik tespiti için DNA parmak izlerini analiz eder. Anormal parça desenlerini tespit ederek genetik bozuklukları teşhis eder. Basit, ucuz ve bilgilendiricidir.

Bu tekniğin sınırlamaları var. Yavaş. Kalitatif veya yarı kantitatif. Çok büyük parçaları ayırt edemiyor. Ancak laboratuvarın temel araçlarından biri olmaya devam ediyor ve genellikle daha uzun bir analizin ilk adımı oluyor.