Fragmen DNA ditempatkan dalam gel. Arus listrik dialirkan. Fragmen-fragmen tersebut bermigrasi melalui gel, dengan fragmen yang lebih kecil bergerak lebih cepat daripada fragmen yang lebih besar. Setelah beberapa jam, fragmen-fragmen tersebut dipisahkan berdasarkan ukurannya. Itulah elektroforesis gel, teknik yang telah menjadi andalan biologi molekuler sejak tahun 1970-an.

Gel yang digunakan biasanya agarosa untuk DNA atau poliakrilamida untuk protein. Gel bertindak sebagai saringan molekuler. Medan listrik mendorong DNA yang bermuatan negatif menuju elektroda positif. Ukuran pori gel menentukan jangkauan pemisahan. Setelah elektroforesis, fragmen divisualisasikan dengan pewarna atau zat warna fluoresen. Hasilnya adalah pola pita, masing-masing sesuai dengan fragmen dengan ukuran tertentu.

Elektroforesis gel digunakan untuk berbagai tujuan. Metode ini memeriksa ukuran fragmen DNA setelah PCR atau pemotongan restriksi. Ia memisahkan protein untuk Western blotting. Ia menganalisis sidik jari DNA untuk identifikasi forensik. Ia mendiagnosis kelainan genetik dengan mendeteksi pola fragmen abnormal. Metode ini sederhana, murah, dan informatif.

Teknik ini memiliki keterbatasan. Prosesnya lambat. Hasilnya bersifat kualitatif atau semi-kuantitatif. Teknik ini tidak dapat memisahkan fragmen yang sangat besar. Namun, teknik ini tetap menjadi andalan di laboratorium, dan seringkali merupakan langkah pertama dalam analisis yang lebih panjang.