डीएनए के टुकड़ों को जेल में रखा जाता है। फिर विद्युत धारा प्रवाहित की जाती है। ये टुकड़े जेल में गति करते हैं, जिनमें छोटे टुकड़े बड़े टुकड़ों की तुलना में अधिक तेज़ी से गति करते हैं। कुछ घंटों के बाद, टुकड़ों को आकार के अनुसार अलग किया जाता है। यही जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस है, जो 1970 के दशक से आणविक जीव विज्ञान में एक महत्वपूर्ण तकनीक रही है।

डीएनए के लिए जेल आमतौर पर एगारोज का होता है और प्रोटीन के लिए पॉलीएक्रिलामाइड का। जेल एक आणविक छलनी की तरह काम करता है। विद्युत क्षेत्र ऋणात्मक आवेशित डीएनए को धनात्मक इलेक्ट्रोड की ओर धकेलता है। जेल के छिद्रों का आकार पृथक्करण की सीमा निर्धारित करता है। इलेक्ट्रोफोरेसिस के बाद, खंडों को एक दाग या फ्लोरोसेंट डाई की सहायता से देखा जाता है। परिणाम स्वरूप बैंडों का एक पैटर्न बनता है, जिनमें से प्रत्येक एक विशेष आकार के खंड को दर्शाता है।

जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस का उपयोग कई उद्देश्यों के लिए किया जाता है। यह पीसीआर या प्रतिबंध पाचन के बाद डीएनए खंडों के आकार की जांच करता है। यह वेस्टर्न ब्लॉटिंग के लिए प्रोटीन को अलग करता है। यह फोरेंसिक पहचान के लिए डीएनए फिंगरप्रिंट का विश्लेषण करता है। यह असामान्य खंड पैटर्न का पता लगाकर आनुवंशिक विकारों का निदान करता है। यह सरल, सस्ता और जानकारीपूर्ण है।

इस तकनीक की कुछ सीमाएँ हैं। यह धीमी है। यह गुणात्मक या अर्ध-मात्रात्मक है। यह बहुत बड़े टुकड़ों को अलग-अलग नहीं कर सकती। लेकिन यह प्रयोगशाला में एक महत्वपूर्ण उपकरण बनी हुई है, और अक्सर यह एक लंबी विश्लेषण प्रक्रिया का पहला चरण होता है।