Фрагменты ДНК помещают в гель. Подается электрический ток. Фрагменты мигрируют по гелю, при этом более мелкие фрагменты движутся быстрее, чем более крупные. Через несколько часов фрагменты разделяются по размеру. Это гель-электрофорез — метод, который является основным в молекулярной биологии с 1970-х годов.

Для электрофореза обычно используют агарозу для ДНК или полиакриламид для белков. Гель действует как молекулярное сито. Электрическое поле направляет отрицательно заряженную ДНК к положительному электроду. Размер пор геля определяет диапазон разделения. После электрофореза фрагменты визуализируют с помощью красителя или флуоресцентного красителя. В результате получается картина полос, каждая из которых соответствует фрагменту определенного размера.

Гель-электрофорез используется для многих целей. Он позволяет проверить размер фрагментов ДНК после ПЦР или рестрикционного расщепления. Он разделяет белки для вестерн-блоттинга. Он анализирует ДНК-отпечатки для судебно-медицинской идентификации. Он диагностирует генетические заболевания путем выявления аномальных паттернов фрагментов. Это простой, недорогой и информативный метод.

У этого метода есть ограничения. Он медленный. Он носит качественный или полуколичественный характер. Он не может различать очень крупные фрагменты. Но он остается незаменимым инструментом в лаборатории и часто является первым этапом более длительного анализа.