A DNS-fragmentumokat gélbe helyezik. Elektromos áramot alkalmaznak rajtuk. A fragmensek a gélen keresztül vándorolnak, a kisebb fragmensek gyorsabban mozognak, mint a nagyobbak. Néhány óra elteltével a fragmenseket méretük szerint szétválasztják. Ez a gélelektroforézis, egy olyan technika, amely az 1970-es évek óta a molekuláris biológia alapvető eszköze.

A gél általában agaróz a DNS-hez vagy poliakrilamid fehérjékhez. A gél molekulaszűrőként működik. Az elektromos tér a negatív töltésű DNS-t a pozitív elektróda felé hajtja. A gél pórusmérete határozza meg az elválasztási tartományt. Az elektroforézis után a fragmenseket festékkel vagy fluoreszcens festékkel láthatóvá teszik. Az eredmény egy sávmintázat, amelyek mindegyike egy adott méretű fragmensnek felel meg.

A gélelektroforézist sokféle célra használják. Ellenőrzi a DNS-fragmensek méretét PCR vagy restrikciós emésztés után. Fehérjéket választ szét Western blot analízishez. DNS-ujjlenyomatokat elemez igazságügyi azonosításhoz. Genetikai rendellenességeket diagnosztizál a rendellenes fragmensmintázatok kimutatásával. Egyszerű, olcsó és informatív.

A technikának vannak korlátai. Lassú. Kvalitatív vagy szemikvantitatív. Nem képes nagyon nagy fragmentumokat felbontani. De továbbra is a laboratórium egyik munkagépe marad, és gyakran az első lépés egy hosszabb elemzésben.