Cây con là cây non mọc lên từ hạt và bắt đầu phát triển độc lập. Nó có hệ rễ, thân cây và ít nhất một cặp lá thật. Giai đoạn cây con là giai đoạn dễ bị tổn thương nhất trong vòng đời của cây.

Cây con cần ánh sáng, nước và chất dinh dưỡng với tỷ lệ cân bằng thích hợp. Thiếu ánh sáng sẽ khiến chúng vươn dài và yếu đi. Quá nhiều nước sẽ khiến chúng bị thối rễ, một bệnh do nấm gây ra làm thối thân cây ở sát mặt đất. Quá ít nước sẽ khiến chúng héo rũ. Cỏ dại cạnh tranh gay gắt ở giai đoạn này, và côn trùng có thể ăn sạch cả khay cây con chỉ trong một ngày. Việc cấy ghép thường được thực hiện khi cây con có một vài lá thật và thân cây chắc khỏe.

Các vấn đề thường gặp

• Bệnh thối rễ do nấm trong đất
• Chân dài do thiếu ánh sáng
• Rệp, ruồi trắng và bọ trĩ trong khay trồng cây trong nhà kính
• Hiện tượng sốc khi cấy ghép xảy ra khi rễ bị xáo trộn.

Người trồng thường cho cây con thích nghi dần với điều kiện ngoài trời trước khi cấy ghép. Bỏ qua bước này có thể làm chậm sự phát triển của cây trồng hàng tuần, hoặc thậm chí làm chết cây hoàn toàn vào một ngày nắng gió.