Биореактор производит питательную среду, содержащую клетки, питательные вещества и нужный продукт. Продуктом может быть белок, антитело или небольшая молекула. ​​Это лишь крошечная доля от общего объема. Последующая обработка позволяет выделить и очистить его. Это та часть биопроизводства, которая превращает биологический раствор в пригодный для использования продукт.

Этапы различаются в зависимости от продукта, но в целом следуют определенной последовательности. На этапе выделения клетки отделяются от жидкости, часто с помощью центрифугирования или фильтрации. На этапе концентрирования объем уменьшается. На этапе очистки используется хроматография для отделения продукта от примесей. На этапе полировки удаляются следовые загрязнения. На этапе составления рецептуры продукт стабилизируется для хранения и доставки. Каждый этап должен быть валидирован для обеспечения стабильности.

Последующая обработка обходится дорого. На нее может приходиться от 60 до 80 процентов от общей стоимости производства. Именно на этом этапе чаще всего возникают сбои. Этап очистки, работающий в лаборатории, может оказаться неэффективным в масштабируемом производстве. Буферный раствор, дешевый в малых объемах, может стать непомерно дорогим в больших. Продукт, стабильный в течение недели, может начать разлагаться в течение месяца.

Цель — чистота, выход и воспроизводимость. Высокий выход нечистого продукта бесполезен. Чистый продукт с низким выходом непозволительно дорог. Последующая обработка — это балансирование между этими параметрами, и именно здесь инженеры-биопроцессники зарабатывают себе на жизнь.