En bioreaktor produserer en buljong full av celler, næringsstoffer og produktet du ønsker. Produktet kan være et protein, et antistoff eller et lite molekyl. Det er en liten brøkdel av det totale volumet. Nedstrøms prosessering isolerer og renser det. Det er den delen av bioproduksjon som gjør en biologisk suppe om til et brukbart produkt.

Trinnene varierer fra produkt til produkt, men følger en generell rekkefølge. Gjenvinning separerer cellene fra væsken, ofte ved sentrifugering eller filtrering. Konsentrering reduserer volumet. Rensing bruker kromatografi for å separere produktet fra urenheter. Polering fjerner spor av forurensninger. Formulering stabiliserer produktet for lagring og levering. Hvert trinn må valideres for å sikre konsistens.

Nedstrøms prosessering er dyrt. Det kan utgjøre 60 til 80 prosent av den totale produksjonskostnaden. Det er også der de fleste feil oppstår. Et rensetrinn som fungerer i laboratoriet, skalerer kanskje ikke. En buffer som er billig i små volumer kan være uoverkommelig dyr i store volumer. Et produkt som er stabilt i en uke, kan brytes ned i løpet av en måned.

Målet er renhet, utbytte og reproduserbarhet. Et høyt utbytte av et urent produkt er ubrukelig. Et rent produkt med lavt utbytte er uoverkommelig. Nedstrøms prosessering er en balansegang, og det er der bioprosessingeniører tjener til livets opphold.