Biyoreaktör, hücreler, besinler ve istediğiniz ürünle dolu bir sıvı üretir. Ürün bir protein, bir antikor veya küçük bir molekül olabilir. Toplam hacmin çok küçük bir kısmını oluşturur. Sonraki işlemler onu izole eder ve saflaştırır. Biyolojik çorbayı kullanılabilir bir ürüne dönüştüren biyolojik üretim aşaması budur.

Ürünlere göre adımlar değişmekle birlikte genel bir sıra izlenir. Geri kazanım, hücreleri sıvıdan ayırır; bu genellikle santrifüj veya filtrasyon yoluyla yapılır. Konsantrasyon, hacmi azaltır. Saflaştırma, ürünü safsızlıklardan ayırmak için kromatografi kullanır. Son işlem, eser miktardaki kirleticileri giderir. Formülasyon, ürünü depolama ve teslimat için stabilize eder. Tutarlılığı sağlamak için her adımın doğrulanması gerekir.

Üretim sonrası işlemler pahalıdır. Toplam üretim maliyetinin %60 ila %80'ini oluşturabilir. Ayrıca çoğu arıza da burada meydana gelir. Laboratuvarda işe yarayan bir saflaştırma adımı, büyük ölçekte işe yaramayabilir. Küçük hacimlerde ucuz olan bir tampon çözelti, büyük hacimlerde aşırı pahalı olabilir. Bir hafta boyunca stabil olan bir ürün, bir ay içinde bozulabilir.

Amaç saflık, verim ve tekrarlanabilirliktir. Saf olmayan bir ürünün yüksek verimi işe yaramaz. Düşük verimli saf bir ürün ise karşılanamaz. Sonraki işlemler bir denge işidir ve biyoproses mühendisleri burada yeteneklerini sergilerler.