En bioreaktor producerer en bouillon fyldt med celler, næringsstoffer og det ønskede produkt. Produktet kan være et protein, et antistof eller et lille molekyle. Det er en lille brøkdel af det samlede volumen. Nedstrømsbehandling isolerer og renser det. Det er den del af biofremstilling, der omdanner en biologisk suppe til et brugbart produkt.

Trinene varierer afhængigt af produktet, men følger en generel rækkefølge. Genvinding adskiller cellerne fra væsken, ofte ved centrifugering eller filtrering. Koncentrering reducerer volumenet. Oprensning bruger kromatografi til at adskille produktet fra urenheder. Polering fjerner spor af forurenende stoffer. Formulering stabiliserer produktet til opbevaring og levering. Hvert trin skal valideres for at sikre konsistens.

Downstream-forarbejdning er dyr. Den kan tegne sig for 60 til 80 procent af de samlede produktionsomkostninger. Det er også her, de fleste fejl opstår. Et oprensningstrin, der fungerer i laboratoriet, skalerer muligvis ikke. En buffer, der er billig i små mængder, kan være uoverkommeligt dyr i store mængder. Et produkt, der er stabilt i en uge, kan nedbrydes i løbet af en måned.

Målet er renhed, udbytte og reproducerbarhed. Et højt udbytte af et urent produkt er nytteløst. Et rent produkt med et lavt udbytte er uoverkommeligt. Downstream-forarbejdning er en balancegang, og det er her, bioprocesingeniører tjener deres levebrød.