Ένας βιοαντιδραστήρας παράγει ένα ζωμό γεμάτο κύτταρα, θρεπτικά συστατικά και το προϊόν που θέλετε. Το προϊόν μπορεί να είναι μια πρωτεΐνη, ένα αντίσωμα ή ένα μικρό μόριο. Αποτελεί ένα μικροσκοπικό κλάσμα του συνολικού όγκου. Η μεταγενέστερη επεξεργασία το απομονώνει και το καθαρίζει. Είναι το μέρος της βιοπαραγωγής που μετατρέπει μια βιολογική σούπα σε ένα χρησιμοποιήσιμο προϊόν.

Τα βήματα ποικίλλουν ανά προϊόν, αλλά ακολουθούν μια γενική ακολουθία. Η ανάκτηση διαχωρίζει τα κύτταρα από το υγρό, συχνά με φυγοκέντρηση ή διήθηση. Η συμπύκνωση μειώνει τον όγκο. Ο καθαρισμός χρησιμοποιεί χρωματογραφία για να διαχωρίσει το προϊόν από τις ακαθαρσίες. Η στίλβωση απομακρύνει ίχνη ρύπων. Η σύνθεση σταθεροποιεί το προϊόν για αποθήκευση και παράδοση. Κάθε βήμα πρέπει να επικυρώνεται για να διασφαλίζεται η συνέπεια.

Η μεταγενέστερη επεξεργασία είναι δαπανηρή. Μπορεί να αντιπροσωπεύει το 60 έως 80 τοις εκατό του συνολικού κόστους παραγωγής. Είναι επίσης το σημείο όπου συμβαίνουν οι περισσότερες αστοχίες. Ένα βήμα καθαρισμού που λειτουργεί στο εργαστήριο μπορεί να μην κλιμακώνεται. Ένα ρυθμιστικό διάλυμα που είναι φθηνό σε μικρούς όγκους μπορεί να είναι απαγορευτικά ακριβό σε μεγάλους. Ένα προϊόν που είναι σταθερό για μια εβδομάδα μπορεί να αποικοδομηθεί σε διάστημα ενός μήνα.

Ο στόχος είναι η καθαρότητα, η απόδοση και η αναπαραγωγιμότητα. Η υψηλή απόδοση ενός ακάθαρτου προϊόντος είναι άχρηστη. Ένα καθαρό προϊόν με χαμηλή απόδοση είναι απρόσιτο. Η μεταγενέστερη επεξεργασία είναι μια πράξη εξισορρόπησης και από εκεί κερδίζουν τα προς το ζην οι μηχανικοί βιοδιεργασιών.