Bioreaktor produkuje bujón plný buněk, živin a požadovaného produktu. Produktem může být protein, protilátka nebo malá molekula. Je to nepatrný zlomek celkového objemu. Následné zpracování jej izoluje a čistí. Je to část biovýroby, která přeměňuje biologickou polévku na použitelný produkt.

Kroky se liší podle produktu, ale dodržují obecnou posloupnost. Regenerace odděluje buňky od kapaliny, často centrifugací nebo filtrací. Koncentrace snižuje objem. Čištění využívá chromatografii k oddělení produktu od nečistot. Leštění odstraňuje stopové kontaminanty. Formulace stabilizuje produkt pro skladování a dodávku. Každý krok musí být validován, aby byla zajištěna konzistence.

Následné zpracování je drahé. Může tvořit 60 až 80 procent celkových výrobních nákladů. Je to také místo, kde dochází k většině selhání. Krok čištění, který funguje v laboratoři, se nemusí škálovat. Pufr, který je v malých objemech levný, může být ve velkých objemech neúměrně drahý. Produkt, který je stabilní po dobu jednoho týdne, se může degradovat během měsíce.

Cílem je čistota, výtěžek a reprodukovatelnost. Vysoký výtěžek nečistého produktu je zbytečný. Čistý produkt s nízkým výtěžkem je nedostupný. Následné zpracování je otázkou rovnováhy a právě zde si biotechnologickí inženýři vydělávají na živobytí.