Um biorreator produz um caldo repleto de células, nutrientes e o produto desejado. O produto pode ser uma proteína, um anticorpo ou uma pequena molécula. Representa uma fração ínfima do volume total. O processamento subsequente isola e purifica este produto. É a etapa da biofabricação que transforma este sumo biológico num produto utilizável.

As etapas variam de acordo com o produto, mas seguem uma sequência geral. A recuperação separa as células do líquido, geralmente por centrifugação ou filtração. A concentração reduz o volume. A purificação utiliza a cromatografia para separar o produto das impurezas. O polimento remove vestígios de contaminantes. A formulação estabiliza o produto para armazenamento e distribuição. Cada etapa deve ser validada para garantir a consistência.

O processamento a jusante é dispendioso. Pode representar 60 a 80% do custo total de fabrico. É também onde ocorre a maioria das avarias. Uma etapa de purificação que funciona em laboratório pode não ser escalável. Um tampão barato em pequenos volumes pode ser proibitivamente caro em grandes volumes. Um produto estável durante uma semana pode degradar-se num mês.

O objetivo é a pureza, o rendimento e a reprodutibilidade. Um rendimento elevado de um produto impuro é inútil. Um produto puro com baixo rendimento é inviável. O processamento a jusante é um ato de equilíbrio, e é aí que os engenheiros de bioprocessos mostram o seu valor.