Un bioreactor produce o supă plină de celule, nutrienți și produsul dorit. Produsul poate fi o proteină, un anticorp sau o moleculă mică. Este o fracțiune infimă din volumul total. Prelucrarea ulterioară o izolează și o purifică. Este partea bioproducției care transformă o supă biologică într-un produs utilizabil.

Etapele variază în funcție de produs, dar urmează o secvență generală. Recuperarea separă celulele de lichid, adesea prin centrifugare sau filtrare. Concentrarea reduce volumul. Purificarea utilizează cromatografia pentru a separa produsul de impurități. Șlefuirea elimină urmele de contaminanți. Formularea stabilizează produsul pentru depozitare și livrare. Fiecare etapă trebuie validată pentru a asigura consecvența.

Procesarea în aval este costisitoare. Poate reprezenta între 60 și 80% din costul total de fabricație. De asemenea, aici apar cele mai multe defecțiuni. O etapă de purificare care funcționează în laborator s-ar putea să nu se scaleze. O soluție tampon ieftină în volume mici poate fi prohibitiv de scumpă în volume mari. Un produs care este stabil timp de o săptămână se poate degrada pe parcursul unei luni.

Scopul este puritatea, randamentul și reproductibilitatea. Un randament ridicat al unui produs impur este inutil. Un produs pur cu un randament scăzut este inaccesibil. Procesarea în aval este un act de echilibrare și este locul unde inginerii de bioprocese își câștigă existența.