Egy bioreaktor egy sejtekkel, tápanyagokkal és a kívánt termékkel teli táptalajt állít elő. A termék lehet fehérje, antitest vagy egy kis molekula. A teljes térfogatnak csak egy apró töredékét teszi ki. A további feldolgozás során izolálják és tisztítják. Ez a biogyártás része, amely a biológiai levest felhasználható termékké alakítja.

A lépések termékenként eltérőek, de egy általános sorrendet követnek. A kinyerés során a sejteket elválasztják a folyadéktól, gyakran centrifugálással vagy szűréssel. A koncentrálás csökkenti a térfogatot. A tisztítás kromatográfiát alkalmaz a termék szennyeződésektől való elválasztására. A polírozás eltávolítja a nyomokban jelenlévő szennyeződéseket. A készítmény stabilizálja a terméket tárolás és szállítás céljából. Minden lépést validálni kell az állandóság biztosítása érdekében.

A downstream feldolgozás drága. A teljes gyártási költség 60-80 százalékát is kiteheti. Itt történik a legtöbb hiba is. Egy laboratóriumban működő tisztítási lépés esetleg nem skálázható. Egy kis mennyiségben olcsó puffer nagy mennyiségben megfizethetetlenül drága lehet. Egy egy hétig stabil termék egy hónap alatt lebomolhat.

A cél a tisztaság, a hozam és a reprodukálhatóság. A szennyezett termék magas hozama haszontalan. Az alacsony hozamú tiszta termék megfizethetetlen. A feldolgozás egyensúlyozás kérdése, és a biotechnológiai mérnökök itt keresik a kenyerüket.